Bioinformata pleno – Salvador/BA

BA l Bahia
Efetivo (CLT)
Biólogo
Biomédico
Biotecnologista
Tecnologia da Informação

Responsabilidades

• Desenho e implementação de pipelines de bioinformática: Projetar pipelines reprodutíveis (pré-processamento, alinhamento, chamadas de variantes, gVCF, joint-calling) utilizando containers e seguindo melhores práticas internacionais (GATK Best Practices, nf-core).
• Definir painéis/métricas de QC: Estabelecer métricas de qualidade para sequências (FASTQ/BAM/VCF) e metadados clínico-fenotípicos, definindo thresholds, alertas e relatórios.
• Automatização: Desenvolver rotinas automatizadas para ingestão, auditoria e curadoria, garantindo eficiência, padronização e rastreabilidade.
• Consolidar catálogos e metadados: Apoiar a construção de catálogos agregados de variantes (frequências populacionais), indexação e versionamento de metadados conforme ontologias reconhecidas (HPO, SNOMED-CT, OMOP, GA4GH).
• Procedimentos Operacionais Padrão (SOPs): Elaborar documentos técnicos, guias e templates para garantir governança, auditoria e reprodutibilidade dos processos.
• Documentação robusta: Criar e manter documentação completa e clara, garantindo que pipelines e procedimentos possam ser mantidos, auditados e evoluídos pela equipe no futuro.

Requisitos

• QUALIFICAÇÕES MÍNIMAS
  • Mestrado em Bioinformática ou áreas correlatas envolvendo ciências da saúde, biologia computacional, genética, ciência de dados biomédicos ou informática aplicada à genômica humana.
  • Mínimo de 3 anos em bioinformática (acadêmica ou profissional), com atuação comprovada em genômica.
  • Experiência sólida no desenho, implementação, operação e otimização de pipelines reprodutíveis (pré-processamento, mapeamento, chamadas de variantes, joint-genotyping etc.).
  • Participação prévia como bioinformata em projetos de genômica.
  • Experiência prática com Nextflow e/ou WDL/Cromwell, incluindo execução em ambientes HPC.
  • Domínio de ferramentas essenciais: GATK, BWA, samtools/bcftools, Picard.
  • Uso de ontologias biomédicas (HPO, SNOMED, OMOP) ou experiência em mapeamento de metadados clínicos.
  • Experiência com containers (Docker, Singularity/Apptainer).
  • Vivência em QC e curadoria de dados genômicos.
  • Conhecimento de ambientes HPC (SLURM, filas, quotas, logs, storage distribuído).
  • Sólida experiência em Linux e Shell Script.
  • Experiência com Git, versionamento, CI/CD e boas práticas de engenharia de software.
  • Abordagem analítica e orientada à solução de problemas.
  • Capacidade de trabalhar em ambiente colaborativo e de alta responsabilidade científica.
• QUALIFICAÇÕES PREFERENCIAIS
  • Experiência com padrões GA4GH (htsget, refget, DUO, Phenopackets).
  • Experiência no uso de ferramentas e estrutura de dados para registro de dados fenotípicos como RedCAP.
  • Familiaridade com modelos de dados clínicos, especialmente OMOP-CDM.
  • Inglês intermediário.
  • Doutorado em Bioinformática ou áreas correlatas.
  • Publicações científicas relevantes em genômica ou bioinformática.
  • Experiência prévia em projetos nacionais ou multicêntricos de grande escala.
  • Experiência com pipelines nf-core, HAIL ou Spark genômico.
  • Conhecimento de processamento em GPU e Nvidia Parabricks em genômica.